博士課程前後期連携教育プログラムとして、系専攻を横断して新設される高等教育院には融合工学コースが、また既存の系専攻には高度工学コースが創設されます。それぞれに在籍期間を修士課程からの入学年次に応じて3〜5年とする3つのコース(「5年コース」、「4年コース」および「3年コース」)が開設されます。連携プログラムでは、主指導教員に加えて原則として2名の副指導教員を定め、履修生の目的に応じたカリキュラム構成や進路指導等、綿密な指導を行います。履修生の学籍は、原則として主指導教員が所属する専攻に置かれます。また、学修・研究の進展に応じて、専攻毎に設定される時期に進級審査等が行われます。